ความเป็นมา          ปัญโญทัยเกิดขึ้นจากความห่วงใยในสภาวะความเป็นไปของเด็กที่ดำรงอยู่ในขณะนี้ ตลอดจนทิศทางและวิธีให้การศึกษาเด็กที่ปรากฎอยู่ในสังคมไทย จากกระแสวัตถุนิยมที่ถาโถมใส่สังคมไทยไม่หยุดยั้ง ผลักดันให้เด็กแก่งแย่งแข่งขันกันไขว่คว้าแสวงหาทางวัตถุอย่างหนักหน่วง               ปัญโญทัยเริ่มต้นขึ้นมาด้วยความเชื่อว่า การศึกษาคือหนทางในการบำบัดเยียวยาสังคม เนื่องจากต้นตอของปัญหาทั้งปวงอยู่ที่คน มีแต่การพัฒนาคนให้มีคุณภาพเท่านั้นจึงจะแก้ไขปัญหาได้อย่างถึงราก

ปัญโญทัยเปิดดำเนินการครั้งแรกโดยอาศัยบ้านเช่าหลังหนึ่งในหมู่บ้านปัญญา ถนนพัฒนาการเมื่อปี 2539  จากนักเรียน 6 คน ค่อยๆเพิ่มจำนวนขึ้นอย่างสม่ำเสมอและต่อเนื่อง         พัฒนาการ

	หลังจาก 5 ปีผ่านไปบ้านเดี่ยวหลังเดียวก็ไม่พอ รองรับเด็กจำนวน 50 คน ระดับชั้นอนุบาล-ป.3 อีกต่อไป          ปัญโญทัยจึงย้ายมายัง สถานที่ที่ใหญ่ขึ้นที่หมู่บ้าน นภาลัย บางนา

	6 ปีต่อมาสถานที่เดิมก็คับแคบเกินไปเสียแล้วสำหรับ นักเรียน 200 คน ระดับชั้นอนุบาล - ม. 3 ความพยายามในการหาสถานที่ถาวรของโรงเรียนซึ่งดำเนินมานานก็ประสบผลในที่สุดจากความร่วมมือร่วมใจของผู้ปกครองและครู
บางนา   โดยผู้มีอุปการคุณออกเงินซื้อที่ให้ และให้โรงเรียนผ่อนชำระในระยะยาว พร้อมกันนั้นหลายฝ่ายในชุมชนก็ช่วยกันออกทุนค่าก่อสร้างอาคารร่วมกับองค์กรสนับสนุนในต่างประเทศ

	สุขาภิบาล 5	ปัญโญทัยจึงดำเนินการในสถานที่ของตนเองที่สุขาภิบาล5 ได้ตั้งแต่ปี 2550 เป็นต้นมา