ปัญโญทัยเริ่มต้นขึ้นมาด้วยความเชื่อว่า การศึกษาคือหนทางในการบำบัดเยียวยาสังคม เนื่องจากต้นตอของปัญหาทั้งปวงอยู่ที่คน มีแต่การพัฒนาคนให้มีคุณภาพเท่านั้น จึงจะแก้ไขปัญหาได้อย่างถึงราก

ปัญโญทัยเริ่มต้นดำเนินการขึ้นได้เมื่อมีผู้เสนอให้เช่าบ้านหลังหนึ่งในหมู่บ้านปัญญา ถนนพัฒนาการ ในอัตรามิตรภาพเมื่อปี 2539 ท่ามกลางภาวะที่ขาดแคลนทั้งเงินทุนและวัตถุปัจจัย ทว่าเปี่ยมด้วยความมุ่งมั่น แรงบันดาลใจ และทิศทางที่ชัดเจน

จากระยะแรกๆ ที่ไม่ค่อยมีผู้ปกครองกล้าส่งลูกมาเรียนในสถานศึกษาซึ่งดูไม่เป็นโรงเรียน ซ้ำยังใช้แนวทางการเรียนการสอนที่ไม่คุ้นเคย แต่ครอบครัวที่ตัดสินใจเช่นนั้นก็พอใจที่เห็นลูกมีความสุขกับการเรียน และได้รับการปกป้องวัยเด็กเอาไว้ จำนวนนักเรียนที่เริ่มจาก 6 คน จึงค่อยๆ เพิ่มขึ้นอย่างสม่ำเสมอและต่อเนื่อง

หลังจาก 5 ปีผ่านไป บ้านเดี่ยวหลังเดียวก็ไม่พอรองรับเด็กจำนวน 50 คนระดับชั้นอนุบาล-ป.3 อีกต่อไป ปัญโญทัยจึงย้ายมายังสถานที่ที่ใหญ่ขึ้นที่หมู่บ้านนภาลัย บางนา

6 ปีต่อมาสถานที่เดิมก็คับแคบเกินไปเสียแล้วสำหรับนักเรียน 200 คน ระดับชั้นอนุบาล–ม. 3 ความพยายามในการหาสถานที่ถาวรของโรงเรียนซึ่งดำเนินมานานก็ประสบผลในที่สุดจากความร่วมมือร่วมใจของผู้ปกครองและครู โดยผู้มีอุปการคุณออกเงินซื้อที่ให้ และให้โรงเรียนผ่อนชำระในระยะยาว พร้อมกันนั้นหลายฝ่ายในชุมชนก็ช่วยกันออกทุนค่าก่อสร้างอาคารร่วมกับองค์กรสนับสนุนในต่างประเทศ

ปัญโญทัยจึงดำเนินการในสถานที่ของตนเองที่สุขาภิบาล 5 ได้ตั้งแต่ปี 2550 เป็นต้นมา